A Római Kollégium a jezsuita rend központi tanulmányi intézete volt, amelyet XIII. Gergely pápa idejében szerveztek meg, és a pápa iránti tiszteletből a ,,Gregoriana Egyetem'' nevet kapta. A teológia tantárgyai közé Bellarmin professzor emelte a kontroverzteológiát, azaz a reformáció által vitatott teológiai tanítás kérdéseinek rendszerét. Előadásait négy nagy kötetben, Kontroverziák címmel 1586 és 1593 között adta ki Rómában. Ez a mű volt az ellenreformáció elméleti-tudományos oldala. Szerkezetében és anyagában a kor igényeit elégítette ki. A sors iróniája, hogy éppen a minden erejével a katolikus tanítás mellett harcba szálló Bellarminnak kellett megérnie, hogy a Kontroverziák első kötetét V. Sixtus pápa indexre tette, mert nem tetszett neki, ahogyan a szerző a pápa evilági hatalmát tárgyalta. Néhány hónappal később azonban a következő pápa fölülvizsgálta és hatálytalanította az intézkedést. A pápai udvarban azonban tovább folytatódott az intrika Bellarmin ellen. 1599 márciusában Bellarmin bíboros lett. Még egy alkalommal részt kellett vennie teológiai küzdelemben. Az isteni kegyelem és az emberi szabad akarat viszonyáról a domonkos teológusok képviseletében Banez, a jezsuiták képviseletében Molina vitatkozott egymással. VIII. Kelemen a domonkosok véleménye felé hajlott. Bellarmin nagyon őszintén föltárta a pápa előtt a vita minden nehézségét, és óvta attól, hogy elhamarkodottan állást foglaljon és eldöntse a vitát. Őszintesége jutalmaként a pápa Capua érsekévé nevezte ki, azaz ismét eltávolították Rómából. Ebben az esetben is ezt a jól bevált elvet alkalmazták: Promoveatur, ut amoveatur, azaz: Léptessük elő, hogy megszabaduljunk tőle. 1605. március 3-án meghalt VIII. Kelemen, és Bellarmin részt vett a konklávén,de mindössze négy hét után az épp hogy megkoronázott pápa meghalt, és ismét konklávét kellett tartani. Közvetlenül a választás után így írt Bellarmin egyik barátjának: ,,Azt, hogy Ön azt hitte, hogy megválasztanak pápának, és ezt kívánta is, jóakarata megnyilvánulásaként fogadom. Én azonban ezt a legnagyobb méltóságot nemcsak hogy soha nem kívántam, hanem mindig iszonyodtam tőle, és teljes szívemből kértem az Urat, emlékezzék meg gyengeségemről, és ne engedje, hogy valaha ilyen veszedelmes magasságba kerüljek.'' Az újonnan megválasztott pápa már nem engedte vissza a híres teológust számkivetésébe, hanem ott tartotta maga mellett teológiai tanácsadónak. Ettől fogva haláláig Bellarmin bíboros a legfontosabb kongregációkban töltött be fontos hivatalokat, és azoknak az éveknek az egyházpolitikai vitáiba súlyos védőiratokkal avatkozott be a pápa oldalán. Egyik kollégája, a bíboros kollégium dékánja mondta Bellarmin halálakor: ,,Megtiszteltetésként tartom számon, hogy döntéseink meghozatalában mindig követtük az ő véleményét, mert mindig ez volt a legbiztosabb és a legjobb. És nem én voltam az egyetlen, aki az ő nyomában jártam. Mi, bíborosok, majdnem valamennyien követtük őt. Nem is egyszer fordult elő, hogy a tizennégy tagot számláló kongregáció egységesen megváltoztatta véleményét, miután meghallgattuk Bellarmint. Ilyen nagy volt személyének és tudásának a súlya. Halála után az emlékezete is így hat tovább: döntéseire tudunk támaszkodni, és tanácskozásainkon továbbra is orákulumként fog szerepelni, akivel szemben nem lehet ellenvélemény.'' Kimagasló tehetsége egyoldalúságot is jelentett. Az egyik római követ, aki jelentést küldött a pápaválasztás idején az egyes bíborosokról, ezt írta Bellarminról: ,,Bellarmint jósága miatt nagyon kedvelik, de tudós, aki csak a könyvek között él, és nincs jártassága a gyakorlati kérdésekben. Nem volna jó pápa, mert kizárólag az Egyház érdekeit tartaná szem előtt, és nem venné számításba a világi fejedelmek érdekeit. És nagy gondot jelentene neki bármilyen ajándék elfogadása.'' Egyoldalúságának volt természetes következménye az is, hogy részese lett a teológusok közötti vitáknak, s ezzel elég sok ellenséget szerzett, akikben a teológiai véleménykülönbség személyes ellentétté is alakult. Ezért volt szükség oly hosszú időre, hogy a szent bíborossal szemben kialakult előítéletek mind elhalványuljanak.
